黑死病是1348年在欧洲爆发的一次大型瘟疫，夺去了数千万人的生命，使欧洲人口减少了1/3~1/2，是人类历史上最严重的瘟疫，是一场深重的灾难，乃至改变了历程，间接促使了东罗马帝国的崩溃。
1334年，中国河北爆发瘟疫，致命的传染病夺走了当地90%人的生命，人数约为500万人。随后，瘟疫向西蔓延，袭击了印度、叙利亚以及美索不达米亚。1346年，瘟疫袭击了黑海地区克里米亚半岛上一个名叫卡法的贸易区。当时，居住在卡法的热那亚人正被穆斯林塔塔尔人的军队围攻，城里的居民由于没有足够的粮食吃不得不忍饥挨饿。突然之间，的事情发生了，塔塔尔人一下子就像苍蝇一样一个接一个地倒下了。黑死病袭击了塔塔尔人。
但是，被围困的热那亚人也没有得到多少轻松喘息的机会，塔塔尔人在撤退之前，将几具因瘟疫而死的尸体扔进了城墙内。为了逃避瘟疫，热那亚人分乘4艘船扬帆远去。可当他们到达西西里岛东北岸港市墨西拿时，船上大部分人都已病死。这几艘船被勒令离开海港，但为时已晚，可怕的瘟疫开始登陆欧洲。大瘟疫的爆发给欧洲人带来了空前的灾难，瘟疫迅速地传播开来，每天向前推进两英里，从地中海的各个港口蔓延到西班牙，经过陆地，跨越阿尔卑斯山脉和比利牛斯山脉，一直蔓延到法国、德国、英国以及斯堪的纳维亚半岛上的冰岛和格陵兰等地。整个欧洲大陆都笼罩在黑死病的乌云下。
过去一个世纪以来，人们普遍认为这场恐怖的黑死病就是腺鼠疫，由鼠疫杆菌引起，通过老鼠和跳蚤传播给人类的病菌;传播这种耶尔森氏属病毒的跳蚤专以吸食老鼠、豚鼠、狗、兔子等的血液为生，特别是一种黑鼠与瘟疫的传播大有关系。这是一种通过老鼠和跳蚤传播的病菌。不过，黑死病真的与老鼠有关吗
意大利作家卜伽丘在《十日谈》里所描述的黑死病景象，似乎与淋巴腺鼠疫并不完全吻合。2001年，出版了《疫病生物学》一书，书中指出，黑死病是由淋巴腺鼠疫病毒引发之结论疑点甚多。例如，为什么黑死病的传播速度如此之快据当时的有关报道，黑死病以平均每天两英里的速度向前推进，这意味着鼠群将以跑得喘不过气来的速度穿越乡间田野，但当时并没有关于目睹这种情景的相关报道。
事实上，一些描述当时黑死病情况的目击者们根本就没有提到过老鼠。还有，如果与老鼠有关，那么它们是如何越过比利牛斯山脉和阿尔卑斯山脉的它们又是如何抵达冰岛和格陵兰的对于这些适宜于生活在温暖地带并且已经染上疫病的老鼠来说，这一段漫长又寒冷的旅程是难以想象的。为什么黑死病会沿着商队贸易路线传播开来，而且通常爆发在人口集中的地方，如城市中心地区，集市中和军队里为什么隔离措施是当时唯一有效的措施如果说瘟疫是由老鼠传播开来的，那么对染病的人群隔离会有用吗因为，老鼠很容易从被隔离的房子和村庄里跑出来继续将瘟疫传播开去。
一定还有另一种传播途径，而不是老鼠、跳蚤与人类之间的传播途径。如果说瘟疫是通过空气中的尘粒在人与人之间传播开来的，那倒还比较说得通，研究人员认为致病的可能是一种病毒。
根据中世纪对黑死病的描述，黑死病的病原体可能不是鼠疫杆菌，而更像是一种滤过性出血热病毒，与现代的埃博拉病毒非常类似。如果这种猜测能够成立的话，就能解释为什么黑死病会如此迅速地传播开来。科学家说这种病毒的潜伏期较长，大约为20天，在感染病毒到发病的这段时间里，带菌者会在毫不知情的人群中将疾病传播开来。据此，科学家们猜测当时的情景可能是这样的：一个感染了黑死病而自己还并不知晓的病人，或许是一个士兵或许是一个到处旅行的商人，到一个新的城镇后传染给别的人，于是疾病就在这个城镇里很快地传播开来。大约过了两三个星期，这个旅行者病死了，而城里其他的人也开始陆续病倒。在此期间，这个城镇或者村庄里也有人外出到其他地方去，于是传播到了更多的地方传染了更多的人。这就是为什么疾病会传播得如此之快的原因，一天两英里的速度是人们在乡间步行走动的一般速度。
要证明黑死病是由病毒引起的也许比较困难，在当时没有血液检测方法来确定病毒种类，而要从700多年前的死者遗骸中提取病毒的DNA也是不可能的。但最近几年里，科学家们还是找到了一些证据来支持黑死病起因于病毒的理论。
虽然当时没有血检技术，但是在当时英国的教区里，当地人的生老病死、婚丧嫁娶，以及命名受洗等都有记录，即使是一个小村庄也能查到当年的有关资料。在英国德贝郡就有这样一个名叫艾亚姆的小村庄。
1665年9月，黑死病突袭了这个村庄，镇上的教区长劝村民们采取隔离措施，以防瘟疫在这个地区蔓延开来。在隔离期间，病人的食物专门送到指定的地方，而付账的钱币则浸在醋里消毒。这个方法似乎还真管用，采取了隔离措施后，这个村庄的周边地区都没有受到瘟疫的影响。一年后，在瘟疫爆发时最早逃出这个村庄的人回到了艾亚姆，发现这个小镇上一半的人都活了下来。
1996年，研究人员从艾亚姆教区的有关记录中查找到了黑死病幸存者的后人，对他们的DNA进行了测试。科学家们非常好奇地想知道，这些幸存下来的人是否拥有某种相同的基因帮助他们抵抗了瘟疫的进攻。结果正如科学家们所预想的那样，这些幸存下来的人的基因里有一种叫做CCR5-delta32的变异基因含量较高。
根据以往的研究，科学家们早已知道，带有这种变异基因的人与基因正常的人相比，感染艾滋病的几率要小很多，即使受到感染，发病也会慢得多。艾亚姆镇并非是个例外，欧洲一些疫区中有不少人都有着不同寻常的较高含量的CCR5-delta32突变基因，这些人约占人口总数的14%，而在一些没有经历过黑死病的地区，如亚洲和非洲，带有这种变异基因的人只占人口总数的2%。研究人员确定，基因突变的人数突然大量增加发生在约700年前，大约是在瘟疫第一次大爆发期间。
似乎可以这么说，黑死病增加了高加索人种基因中的CCR5-delta32基因变异的频率，基因突变保护了这些人群，增强了这些人群以后对于黑死病以及艾滋病的抵抗能力，而亚洲和非洲人口则缺少这种保护机制。这就解释了何以艾滋病在这些地区更为肆虐的原因，同时也说明了黑死病也像艾滋病一样是由病毒引起的。
法国地中海大学的一个研究小组于2000年报告说，他们从法国蒙比利埃市附近取到的3具14世纪骨骼的牙齿中提取DNA残片，用聚合酶链式反应(PCR)技术进行“放大”，从中发现了鼠疫杆菌特有的DNA序列。但牛津大学的科学家提出，这项研究可能存在缺陷。
牛津的研究小组发掘了英国伦敦、丹麦哥本哈根、法国翁热和凡尔登等城市的5个万人冢，其中，伦敦的万人冢确认埋葬有1349年的黑死病死者，另4个有可能也埋葬着黑死病死者。科学家从66具骨骼中取到121枚牙齿，在内部的附着物中寻找DNA碎片。
研究结果是，没有一枚牙齿中含有可辨认的鼠疫杆菌DNA，但发现了多种其他细菌的DNA。科学家使用了与法国小组同样的DNA片断“探针”，搜索鼠疫杆菌独有的DNA序列，但一无所获。
研究还显示，分析过程中样本很容易受到污染。因此，牛津小组的科学家怀疑，法国小组当时发现的并不是古代鼠疫杆菌的DNA，他们使用的样本可能被现代鼠疫杆菌污染了。
科学家希望能找到一些黑死病死者的软组织，获取更好的样本来寻找DNA。气候寒冷的芬兰也曾是黑死病疫区，可能会有死者葬在永冻原中、遗体保存较好。
确认黑死病的根源，不仅仅是个的问题。鼠疫杆菌至今仍然在热带地区流行，还可能被用作生物武器。因此，科学家对黑死病与鼠疫的关系十分关心。2001年，英国利物浦大学的一个小组在分析历录后曾说，黑死病的病原体可能不是鼠疫杆菌，而是一种引起大出血的病毒，与埃博拉病毒类似。
有些医学史学者基于知识论的考虑，从根本上就反对用现代的疾病范畴与疾病知识来解释过去的疾病史。例如英国医学史学者康宁汉(Andrew Cunningham)，就反对以现代的“鼠疫”概念来解释中世纪的“瘟疫”、“黑死病”。他认为，利用现代疾病概念来理解过去的疾病史，造成了对过去医学与过去疾病观的严重扭曲。
这里涉及一个知识论上的难题，康宁汉说：“对于某个病症到底是不是鼠疫的怀疑，只能靠细菌学方法来确定。换言之，只有实验室才能决定它是不是鼠疫。”对现代医学而言，要知道一个病人得的是不是鼠疫，唯一能够真正进行确认的方法是靠实验室的细菌学检验。换言之，细菌学的到来改变了了“瘟疫”的“身份”。现代所谓的“鼠疫”是由实验室来界定的，到头来唯一能决定一个疾病是不是鼠疫的办法，就是诉诸实验室的细菌学检验。
既然中世纪的医师或现在的历史学家不可能去对中世纪的“瘟疫”做细菌学的检验，那也没有可能去确认史料中的疾病是不是现代医学界定下的“鼠疫”。所以，历史学者不能把“鼠疫”这个现代的“疾病身份”套到中世纪“黑死病”的身上。在这种情况下，用现代的鼠疫概念来谈论古代的黑死病基本上是非历史的和时空错乱的。
科学家认为，在这场历史上的大灾难中，也许同时存在两种不同的传染性疾病，一种是欧洲的滤过性病毒出血热，即黑死病;另一种是在亚洲和地中海沿岸部分地区流行的由鼠疫杆菌引起的淋巴腺鼠疫。全球化与病毒传播的隐忧黑死病和鼠疫，是在地球数百万年的进化历史中人与致病病毒之间斗争中最为突出的例子。当病毒变异为一种新的更容易侵入人体的形式时，病毒占上风;而如果当人或其他病毒宿主在病毒攻击下基因发生变异，或者说对于病毒有了免疫能力时，那么人类就占了上风。
黑死病和鼠疫能得以传播开来的一个共同原因就是人口的流动。中世纪时，疾病传播的速度相当于人步行的速度或者轮船航行的速度，而在21世纪的今天，飞遍全球的空中交通工具可以在24小时内将一种新的疾病传遍全球，如果当年这场瘟疫爆发在21世纪，它的传播速度绝对会比每天两英里的速度快得多。
研究类似黑死病这样过去的灾难的意义在于，可以帮助科学家对付新的传染性疾病，以便把这些病尽快扼死在萌芽中。因为，如果有一种类似于黑死病的病毒再现，而不能尽快封杀，现代化的交通工具就会让它很快传遍全世界，那么后果将会是灾难性的。