领导的农民战争最终失败了。失败的根源在于运动的自发性和分散性及其领导者缺乏明确的斗争纲领。普加乔夫及其拥护者是群众君主专制思想的代表，他们反对地主，但却拥护“好沙皇”。这是天真的君主观念的典型表现，形成这种观念的基础则是俄国农村的宗法制度。统治阶级和国家使用正规军队、行政和警察机构、财政、教会和管理国家的历代经验来对付人民的自发性暴动。

　　列宁在谈到农民战争失败的客观原因时强调指出：“从中世纪德国‘农民战争’开始，……我们看到无数这样的例子：组织性较强、觉悟较高、武装较好的少数怎样迫使大多数服从自己的意志并且战胜大多数”。在这次农民战争中，被压迫人民群众表现出非凡的英勇气概和果敢精神，涌现出许多杰出的组织者和卓有才干的军事首领。这次农民战争虽然失败，但它客观上对俄国的社会发展起了进步作用。普加乔夫领导的农民战争已作为沙俄时期人民群众为摆脱农奴制而进行英勇斗争的最光辉的表现载入史册。

　　1773-1775年的农民战争，无论在力量、团结，阶级划分、组织成份与觉悟程度方面。还是在社会口号的明确程度和阶级斗争的激烈程度方面，均超过以往的所有农民战争。人民虽然遭到惨败，但却获得进行革命斗争的经验。这次农民战争动摇了人民认为对封建制度天经地义的这种念，加速了地主专制制度的崩溃。在这次农民战争的影响下，十八至十九世纪俄国农民的阶级斗争又有了新的进展。